Czyli trudne czasy dla miejsca kultu.
Początek XVIII wieku nie był zbyt szczęśliwy dla klasztoru i miasteczka. Raz po raz w mieście pojawiali się niewypłaceni żołnierze, a wraz z nimi choroby i zarazy. Ludzie doświadczani przez śmierć nauczyli się żyć z jej świadomością. Była jednak choroba „powietrza”, która spędzała sen z powiek mieszkańcom miasta.
Na Podbeskidziu oznaki dżumy pojawiały się wielokrotnie, niemniej Żywiec doświadczył jej obecności w całej pełni tylko raz, kiedy w 1592 roku „złe powietrze” przynieśli studenci z Krakowa. Unicestwiło ono wówczas około 500 obywateli. Nauczone tym doświadczeniem miasto nigdy później nie dało się zaskoczyć zarazie. Żywiec bronił dostępu do swego grodu aż 43 razy w przeciągu 100 lat. Bezwzględnie przestrzegano kwarantanny wszystkich mogących zarażać i nadzorowano palenia wszelkich pozostałości po nich.
Inne miasta w takich przypadkach stosowały dziwne zabiegi. Generalnie polegały one na „czyszczeniu” powietrza. W tym celu nakazywano w Krakowie z dział strzelać lub palić ogniska, które to „powietrze polerują i wysuszają”. Jan Petrycy, świadek tamtych czasów, radził z całą powagą, że należy „śpiewać, głośno wołać - lub - krowy przez miasto gnać, aby swym rykiem powietrze wzruszyły...”
Zdarzyło się, też że morowe powietrze przyniósł ze sobą jeden z mnichów, który uczestniczył 24 czerwca 1710 roku w kapitule generalnej prowincji polskich i litewskich. Obrady 30 prowincjałów z Litwy i 17 z Polski były owocne. Jednak poza wartościami duchowymi, ktoś z przyjezdnych pozostawił pamiątkę w postaci morowego powietrza. Dżuma zdziesiątkowała nie tylko zakonników ale i mieszkańców Kalwarii. Zupełnie w innym klimacie odbyła się kolejna kapituła. Prowincjałowie przybyli 3 lipca 1716 roku, witała ich specjalna procesja i armatnie wystrzały. Tym razem goście pozostawili po sobie tylko wartości duchowe.
Jednak to nie pątnicy nieśli śmierć. 26 kwietnia 1711 roku Kalwarie najechali „moskale”. Kiedy miasto nie wypłaciło im kontrybucji spalili je. Z zabudowań pozostał tylko kościółek św. Józefa i niewielki budynek szpitalny, oraz trzy domy na dole. Odjeżdżając pozostawili zgliszcza i...zarazę. Z zapisków wójta żywieckiego wynika, że kościół ten oddano do użytku 1702 roku. Natomiast rozbudowano go wzbogacono o dwie wieże w 1712 roku. Poświęcenie dokonał 15 maja bp Michał z Słupowa Szembeka, sufragan krakowski. Ta rozbudowa była możliwa dzięki nowemu właścicielowi księciu Józefowi Czartoryskiemu. On to najpierw na swój koszt naprawił ratusz, a później ogłosił nowe jarmarki, które pozwolił miastu szybko się odbudować.
To również „moskale” w 1710 roku doprowadzili do ruiny żyda Jakuba Lewkowica, który prowadził tu karczmę. Trudna sytuacja nastąpiła w pobliskiej Lanckoronie. Tam w 1713 roku zamek zajęli „moskale” i „miemcy” jak wtedy mówiono. Chodziło o niewypłaconych żołnierz, którzy pod dowództwem Mikusia „moskale” i Stolcza „miemcy” zażądali pieniędzy i zajęli zamek. Na szczęście na pomoc przybył oddział z żywiecczyzny w liczbie 90 osób, który zmusił ich do opuszczenia Lankorony.
